９９％の確率でＡである。の否定を
９９％の確率でＡでない。とすると誤解を招くので、
９９％より小さい確率でＡである。とすればいいかも。
９９％の確率でＡであるという仮定が成り立たないのはＡである確率が９９％よりも小さい場合です。たとえば９５％の確率でＡである場合は、９９％の確率でＡであるとは言えません。
９９％の確率でＡではないという文は、Ａでない確率が９９％であるように理解されることが多いと推測されます。９９％の確率で非Ａであるということです。それと区別するために「９９％の確率でＡ」ではない、のようにして“９９％の確率でＡ”をひとまとまりにする方法もありますが一般的な言葉の使い方からはすこし離れてしまう気がします。
９９％より小さい確率でＡである、とすれば必ずしもＡでないわけではなく９７％の確率でＡの場合も含まれるのだということが伝わりやすくなるのではないでしょうか。
確率がない場合はどうしたらいいでしょうか。ある程度高い確率でＡであるという場合に、「Ａである」とすることはそれほど変ではありません。しかし、Ａだと断定できる程ではない場合に「Ａでない」とするのは誤解をまねくというか間違いであると言ってしまってもいいくらいです。
「はっきりＡであるとまでは言えない」あたりならば、Ａだと断定できない場合を表すのに使っても大丈夫そうです。
「Ａであるとは限らない」も使えそうです。
